Заходим в ИС под admin. Смотрим id классов, где нужно удалить объекты:
http://objectum.ru/screenshots/2016-06-30-11-50-36.png

Останавливаем ИС.
Далее запросы и команды на примере БД с кодом region.

Далее подключаемся к БД:
psql -h 127.0.0.1 -d region -U region

Вводим пароль 1

Выполняем команду удаления объектов по выбранным классам:
delete from tobject where fclass_id in (1048, 1051);

Выполняем команду удаления неиспользуемых атрибутов объектов:
delete from tobject_attr a
where a.fclass_attr_id in (select b.fid from tclass_attr b where b.fclass_id in (1048, 1051);

Выход из утилиты
\q

Готовим скрипт для пересборки баз из журналов storage-toc.js (необходимо ввести путь к платформе):
var $o = new (require ("/opt/objectum/node/objectum").Objectum)();
$o.db.execute ({
code: "region",
fn: "rebuild"
});

Запускаем подготовленный скрипт:
node storage-toc.js
Чем больше БД тем дольше выполняется действие.

Запускаем ИС.